Os Programas desenvolvidos pela Gestos têm como objetivo empoderar as pessoas soropositivas e vulneráveis às DST, HIV e AIDS e monitorar as políticas públicas, por meio de ações educativas, psicossociais e da mobilização de diferentes agentes sociais e políticos. Os três programas dão sustentação e significado político aos projetos e atividades da instituição.

� Programa de Educação e Assistência Psicossocial

Tem como objetivo consolidar concepções de educação e assistência psicossocial que fortaleçam a missão, a visão de futuro e os princípios da Gestos, além de compartilhar a vivência e a integralidade da instituição para construção de culturas democráticas, equitativas e de paz.

� Programa de Articulação e Incidência Política

Tem por objetivos construir e implementar agendas coletivas com os movimentos sociais para atuar na formulação, monitoramento e avaliação de políticas públicas integradas voltadas para a superação do HIV/AIDS.

� Programa de Desenvolvimento Organizacional

Tem a função de consolidar ações administrativo-financeiras de acordo com os programas e políticas institucionais.